Основной целью создания и деятельности Ассоциации является объединение усилий микрофинансовых и иных организаций в решении задач по повышению степени доступности кредитных ресурсов для юридических и физических лиц Кыргызской Республики, снижению кредитных рисков, достижению выполнения совместных проектов и защите интересов кредитных организаций в процессе микрофинансирования. Микрофинансовый сектор Кыргызстана в настоящее время представляет собой разнообразные финансово-кредитные учреждения, такие как кредитные союзы, микрокредитные агентства (МКА), микрокредитные компании (МКК) микрофинансовые компании (МФК), а также две специализированные государственные организации – Финансовая компания по поддержке кредитных союзов (ФКПКС) и Кыргызская Сельскохозяйственная Финансовая Корпорация (КСФК). Созданная Ассоциация Микрофинансовых организаций призвана стать надежной платформой для дальнейшего их развития. Основными направлениями деятельности Ассоциации являются меры по улучшению правовой и регуляторной среды для МФО, путем активного участия в рабочих группах по разработке или внесению изменений в нормативно-правовые акты, затрагивающие деятельность и регулирование МФО; а также развитие членства и предоставление платных услуг для членов Ассоциации и третьих сторон, что должно явиться основой финансовой стабильности и долгосрочной устойчивости.